Man markiere beide zu vergleichenden Dateien entweder im Projects- oder im Favorites-Reiter und dann über rechte Maustaste > Tools > Diff öffnen sich die beiden Dateien nebeneinander in einer 2-spaltigen Ansicht. Das klappt nur mit genau 2 markierten Dateien.
Optional kann man in den Netbeans-Einstellungen auch das betriebssystemeigene Diff als externen Vergleichsmechanismus nutzen.